蒙古萨满教始于原始社会母系时代，完善于原始社会母系时代到奴隶社会时期。萨满教产生于生产劳动过程。当时，社会生产力低，人们对天地、日月、星辰、山岳、江河、云雾、雨雪、雷电、暴风、野火、疾病等许多自然现象无法解释。人们在这些自然现象面前束手无策，认为有一种超自然的力量在主宰。因此，在原始社会，人们意识形态中产生了万物有灵的概念，进而又产生了主宰氏族命运的神、人有灵魂及人死灵魂不灭的观念。人们为摆脱困厄，改变命运，便崇拜各种自然现象，祈祷神灵。萨满教就是在这种盲目崇拜的基础上形成的。

蒙古族进入奴隶制社会，萨满教领域也出现了新的变化。萨满教的天命论进一步加强，为奴隶主阶级的统治大造舆论。公元1206-1271年，是蒙古萨满教发展的繁盛时期。成吉思汗崇尚萨满教，委萨满教头目兀孙老人为“别乞”，赐白袍，赐首席席位，萨满教成为蒙古族最有权威的宗教。成吉思汗之后，窝阔台、贵由、蒙哥等诸帝一直崇拜萨满教。忽必烈建立元朝后，皇室祭祖，皇帝驾幸上都等，都以萨满主持祭祀。萨满教支配着蒙古民间人们的意识形态，蒙古崇拜天、地、山、河、日、月、五行，尤尊天神，称天为“腾格里”，无一事不归之于天。